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什么是拉曼组?能提供什么信息?相对于转录组、蛋白组和代谢组有何特色?

“拉曼组”(ramanome)作为一种单细胞精度代谢表型组,有三大内涵:(1)每个拉曼组是在特定条件和时间点下一个细胞群体中采集的N个单细胞拉曼光谱的集合,体现的是该细胞群体的“单细胞代谢功能集体照”;(2)每张单细胞拉曼光谱上超过1500个拉曼谱峰中,因每个峰或峰的组合均可能代表一个代谢表型(phenotype),故揭示了该细胞在该状态下的代谢表型组;(3)一个拉曼组内部的不同单细胞拉曼光谱之间具有与生俱来的异质性,而且这种细胞间差异具有重要的生物学意义



研究证明,拉曼组能在单细胞精度,定量检测细胞利用含、含等底物的代谢速率、测定各种拉曼敏感产物(色素甘油三酯淀粉蛋白等)之多样性及其含量、表征细胞的环境应激性(如微生物药敏微生物药物应激机制肿瘤药敏性与药物应激机制等)、检测细胞之间的代谢互作、重建细胞内代谢物相互转化网络(拉曼组内关联分析;IRCA)、也可区分不同的物种。拉曼组能够测量的代谢表型范围仍在不断拓展中。



拉曼组将胞内代谢物的分子光谱定量地翻译为细胞的底物代谢、产物合成、药敏性、环境应激等关键代谢活动。因此,与转录组、蛋白组和代谢物组相比,拉曼组是一种更接近于“功能”的单细胞表型组(如下图)。而且,拉曼组手段具有广谱适用、活体、无损、非标记、全景式表型、可分辨复杂功能、快速、高通量、低成本、能耦合下游测序、质谱或培养等重要优势,与现有的单细胞基因组、转录组、蛋白组和代谢物组等手段具有互补性,共同形成一个完整的单细胞多组学方法学体系。


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