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星赛生物助力中国科学院青岛能源所等开发基于拉曼组的噬菌体敏感性快检技术

2026.06.01
mLife


近日,中国科学院青岛生物能源与过程研究所、深圳市第三人民医院(南方科技大学第二附属医院)、济南大学等单位,利用星赛生物自主研发的拉曼微流单细胞分选仪 RAMS,开发了一种基于拉曼组噬菌体敏感性快速定量检测技术 RPST。该技术不再依赖耗时的细菌裂解或生长受抑制过程,而是直接检测噬菌体感染早期时宿主菌细胞分子组成的变化,构建复合感染指数 CII从而在 1 小时内、一步式地完成感染判别、效能量化、“最低有效感染复数(MOI)”测定等噬菌体定量评估与筛选的全流程。
相关研究发表于 mLife《微生物》。

抗生素耐药已成为全球健康头号威胁之一,每年夺走超百万人生命。当抗生素 “失灵”,噬菌体疗法被寄予厚望 —— 噬菌体这种专门 “吃” 细菌的病毒,能精准猎杀耐药菌,还不破坏人体菌群。

但长期以来,怎么快速找到 “对症” 的噬菌体,一直是个难题。

现有检测方法,差在哪里?


理想的噬菌体敏感性测试(PST)平台,需要同时回答三个关键问题:

能不能快速判断是否可感染?

能否在短时间内快速判断噬菌体对目标菌株的侵染能力(宿主范围判断)

感染力多强?

不同噬菌体对同一菌株的裂解效力排序

能否持续?

感染是否能在临床给药浓度下自我维持

现有方法尚无法同时满足以上需求:噬菌斑实验(金标准)耗时11–21小时,仅能给出定性结果;qPCR快但无法测真实感染力;流式细胞术高通量但无法区分有效/无效感染,因此存在假阳性结果。

RPST用拉曼“指纹”读懂感染


噬菌体感染细菌,细菌细胞里的核酸、蛋白、脂质就会发生特征性重构,就像留下一串独特 “生化密码”。

RPST通过捕捉这种“生化密码”,实现快速、定量的噬菌体敏感性测试。


Figure 1. 基于拉曼组的噬菌体敏感性测试(RPST)概览。(A) 样品制备;(B) 传统PST流程;(C) RPST流程

研究人员从三套典型噬菌体-宿主体系出发,从海量拉曼光谱里锁定4段跨菌种通用的拉曼特征峰



658–663 cm⁻¹:胱氨酸 C-S 键(感染后下降)



713–719 cm⁻¹:核酸嘧啶环(感染后下降)



1430–1450 cm⁻¹:脂质 / 蛋白 CH₂弯曲(感染后上升)



1589–1595 cm⁻¹:芳香氨基酸 C=C(感染后上升)


这4段拉曼特征峰对应的是噬菌体感染中宿主核酸代谢、蛋白合成与 CH₂ 类大分子积累的系统性重塑,与跨系统的转录组/蛋白组研究结论高度吻合。

Figure 2. 感染相关拉曼特征峰的识别。(A) 通过对拉曼光谱指纹区各峰应用受试者工作特征曲线(ROC)和差谱分析,筛选区分感染与未感染细菌的拉曼特征峰;(B) 四段拉曼特征峰在敏感与耐药系统中的时间动态比较;(C) 弱敏感系统在不同MOI条件下四段拉曼特征峰峰面积的时间动态

研究人员利用随机森林模型将上述特征峰整合为一个复合感染指数(CII)。CII 的 AUC 达 0.995,准确率 96.5%,远优于任何单一标志物。

不用培养、不用标记、不用等裂解,1 小时出结果。

Figure 3. 通过整合多个拉曼特征,构建复合感染指数(CII),实现快速、通用的感染判别。(A, B) 对比直接加和与五种机器学习算法,评估哪种方法最能准确区分感染与未感染;(C, D) 使用随机森林算法对比"只用单个拉曼特征"与"整合全部特征的CII",验证多特征整合的优越性;(E) 使用随机森林算法评估四个拉曼特征对模型的贡献权重大小;(F) CII的判读规则:数值越高代表感染程度越深,并设定明确阈值划分"未感染""感染"和"待定"三个区间;(G, H) 随时间推移CII的变化趋势,展示敏感菌与耐药菌的动态差异;(I) 在涵盖四种临床常见致病菌的25个噬菌体-宿主组合中验证RPST方法的准确性

RPST的三大核心优势


01
快速:1 小时出结果,比传统快 10 倍
从噬菌体与细菌共孵育,到拉曼采集、AI 计算、给出报告,全程不到 60 分钟。
02
定量:给噬菌体 “战斗力” 精准排名
CII 是连续数值,谁杀菌强、谁杀菌弱,一眼看清:对同一株耐药菌,快速筛出最强效噬菌体;告别 “只定性、不定量” 的模糊判断。
03
智能:直接算出最低有效 MOI(临床给药剂量)
通过 CII 随时间、浓度的变化轨迹,RPST 能精准算出:维持自我扩增感染的最低MOI,即最低有效 MOI,为临床配液、给药、频次提供数据支撑。

Figure 4. 利用RPST定量评估噬菌体的感染效力。(A, B) MOI越高,CII越大,感染细胞比例越高,验证CII能够反映感染强度;(C, D) 用同一株噬菌体测试三株铜绿假单胞菌,CII准确区分出"高度敏感""低度敏感""完全耐药"三种不同感染效率,与传统噬菌斑实验结果一致;(E, F) 同样方法测试肺炎克雷伯菌,CII不仅能判断有无感染,还能识别出介于两者之间的"弱感染"菌株,分辨力优于传统方法;(G) 同时测试12株大肠杆菌噬菌体,CII一次性完成效力排名

Figure 5. 利用RPST确定维持有效感染所需的最低有效MOI

真实数据说话:准不准?

研究团队在 25 组噬菌体–细菌体系做了验证,覆盖:大肠杆菌、铜绿假单胞菌、肺炎克雷伯菌、沙门氏菌。

结果显示,RPST 与传统噬菌斑法一致性高达 96.0%,同时跨菌种、跨噬菌体通用性较强。

意义有多大?

    RPST为噬菌体-细菌互作研究和临床噬菌体治疗提供了新工具,有望推动《国务院令818号》技术监管框架下的相关备案临床研究。

    这项技术依托星赛生物自主研发的拉曼微流单细胞分选仪 RAMS 完成,从硬件到算法全链条自主可控。

    全球协作赋能,助力iMAPS计划拓展研究范式

    当前,单细胞原位代谢图谱科学计划(iMAPS;www.iMAPS.info)正在全球建设 80 余个微生物组代谢功能探测节点,旨在规模化、系统性地产出海量拉曼组 / 元拉曼组大数据,构建原位功能菌种库。本研究为噬菌体敏感性的快速判定、效力排序与最低有效剂量评估提供了可复用、可推广的标准化范式。
    本研究是iMAPS五大板块中公共卫生/药物领域的重要应用范例,面向耐药菌快速诊断、噬菌体候选药物筛选、个体化感染治疗方案制定、噬菌体制剂剂量优化等关键需求,展示了拉曼组学技术在抗感染精准医疗、新型抗菌药物研发与公共卫生应急响应中的重大应用潜力。

    RPST 将噬菌体敏感性测试从"有没有效"的静态兼容性评估,升级为"效力多强、剂量几何、感染能否持续"的动态定量框架,为精准噬菌体治疗的临床转化提供了关键技术支撑。未来,将 RPST 与拉曼流式分选结合,可进一步解析感染状态的细胞间异质性;结合 AI 驱动的拉曼组数据库,有望实现从患者菌株"拉曼指纹"直接预测最优噬菌体匹配,迈向真正个体化的抗感染治疗。

    作为专注于单细胞功能表型解析与功能细胞分选装备研发的创新企业,星赛生物长期深耕拉曼组学与单细胞技术,以"测得快、判得准、量得清、用得上"为核心能力,持续为噬菌体敏感性测试、耐药菌快速诊断、抗菌药物筛选、精准感染治疗等前沿临床与科研场景提供硬核技术与装备支撑。

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